Xã Phong Nặm nằm ở phía đông bắc huyện Trùng Khánh, có vị trí địa lý:

• Phía đông giáp xã Ngọc Khê
• Phía tây và phía nam giáp xã Khâm Thành
• Phía bắc giáp Trung Quốc.

Xã Phong Nặm có diện tích 28,93 km², dân số năm 1999 là 1.443 người[1], mật độ dân số đạt 50 người/km².

Xã có khu bảo tồn sinh cảnh vượn cao vít, nằm trên địa bàn hai xã Phong Nặm và Ngọc Khê, bảo tồn loài vượn cao vít.

Nhiệt độ không khí bình quân năm là 19,8 °C; mùa lạnh thường kéo dài từ tháng 10 đến tháng 4 năm sau. Trong đó từ tháng 12 đến tháng 2 nhiệt độ trung bình thấp hơn 15 °C. Hai nhánh sông Quây Sơn chảy qua các xóm Đà Bè, Nà Hâu, Giốc Rùng của xã Phong Nặm và chảy về xã Ngọc khê, có chiều dài 14 km, rộng trung bình 80m. Hai nhánh này gặp nhau tại Giàng Nốc. Trên địa bàn xã có các ngọn núi: Bang Nặc, Đa Bê, Keo Tăn, Khan Mín, Lũng En, Lũng Biên, Lũng Cô, Lũng Lợi, Lũng Mằn, Lũng Páo, Lũng Riên, Lũng Rùng.